Millenium w wykonaniu koncertowym Metalliki to przede wszystkim 2 mini trasy obejmujące wyłącznie USA: M2K mini-tour oraz Summer sanitarium. Jednak dla niektórych fanów rok ten staje się ostateczną wyrocznią w stosunku do ulubionego zespołu, Lars wypowiada wojnę Napsterowi, którą zresztą zespół wygrywa, ale ogromna rzesza fanów obraca się przeciwko zespołowi publicznie wyrażając swoją niechęć. Sprawa kończy się zamknięciem witryny Napster.com., a w się w sieci pojawia się mnóstwo filmików-kreskówek ośmieszających i szkalujących przede wszystkim Larsa (chciwość) i Jamesa (alkoholizm). Metallica w tym roku dokonuje jeszcze jednej bardzo ważnej rzeczy, otóż po raz pierwszy w swojej historii komponuje utwót do ścieżki dźwiękowej filmu Mission: Impossible 2. Utwór nosi tytuł "I Disappear", powstaje również spektakularny teledysk nakręcony min: w kanionie Colorado i na ulicach SF. Pod koniec roku Metallica występuje na żywo podczas VH1 music award wykonując utwór Fade to Black dla 200 fanklubowiczów. Rok 2001 zaczyna się dla zespołu wręczeniem nagód Grammy w kategorii Best Rock Instrumental Performance za utwór The Call of  Ktulu wykonanego podczas koncertu S&M w San Francisco.

W styczniu obiega świat szokująca wiadomość: Jason Newsted opuszcza Metallikę. W krótkim oświadczeniu przekazanym do prasy muzyk wyjaśnił, że do podjęcia takiej decyzji skłoniły go sprawy osobiste oraz fizyczne przemęczenie karierą muzyczną. - To najtrudniejsza decyzja mojego życia. Podjąłem ją dla własnego dobra, mojej rodziny oraz dalszego rozwoju kapeli. - dodał. Na koniec podziękował wszystkim członkom grupy oraz fanom za wszystkie lata, które pozostaną dla niego niezapomnianym przeżyciem. Kolejnym wstrząsem dla fanów staje się pobyt w klinice odwykowej James'a Hetfielda. W tym trudnym dla zespołu roku ukazują się 2 wydawnictwa uświetniające 10-lecie wydania czarnego albumu: Metallica-Metallica DVD audio oraz Classic Albums. W maju Larsowi Ulrich'owi urodził się syn - Layne Ulrich.  W 2002 roku po 9 miesiącach kuracji odwykowej James powraca do rodziny i zespołu. W styczniu zostaje on po raz trzeci ojcem, dziewczynka otrzymuje imiona Marcella Francesca. Metallica definitywnie zażegnała możliwość rozpadu, co w ostatnim czasie było bardzo realne. W połowie roku Metalllika po blisko 2 letniej przerwie daje specjalny koncert dla fanów (z Bobem Rockiem na basie) tzw. Relaunch Party. Zespół bierze się ostro do roboty i kontynuuje nagrywanie nowego albumu. W styczniu 2003 roku zespół daje niespodziewany koncert na parkingu przed Network Coliseum w Oakland, w Kalifornii. Na basie zagrał Bob Rock, który pełni obowiązki producenta nowego albumu zespołu i zarazem basisty sesyjnego. Koncert był dla wszystkich niespodzianką, ale jako że odbywał się przed stadionem, na którym miał być rozgrywany mecz futbolu amerykańskiego o awans do finału ligi, czyli Super Bowl, widzów nie zabrakło. W maju odbywa się MTV Icon na którym gwiazdą miała być Metallica, zespołowi postawiono jednak jeden warunek - musiał się na gali zjawić z nowym basistą.

Rozpoczęły się żmudne poszukiwania i przesłuchiwania kandydatów. W końcu zespół obsadza w roli basisty Roberta Trujillo, dostaje on propozycje nie do odrzucenia - 1 mln dolarów na początek za dołączenie do zespołu od zaraz. Reszta zespołu do tego stopnia jest zadowolona z nowego członka, iż publicznie wypowiada się stwierdzeniami typu "gdyby Cliff wziął udział w tych przesłuchiwaniach to niewiadomo czy by się załapał". Poprzednimi zespołami Roberta były: Suicidal Tendencies oraz Ozzy Osbourne group. W końcu po 4 latach przerwy zespół wydaje długo oczekowany album studyjny St. Anger. Tytułowy teledysk promujący longplay zostaje nakręcony w więzieniu San Quentin w SF. Zespół zaczyna promocje nowego albumu od 4 koncertów w Filmore zarezerwowanych wyłącznie dla członków fanclubu. Głównym medium promującym nowy album jest mini trasa Summer Sanitarium obejmująca Europę i USA. W listopadzie zaczyna się światowa trasa Madly In Anger With the World Tour. W maju 2004 r. zespół po pięciu latach przerwy przyjeżdża do Polski i daje niezapomniany koncert dla 60.000 fanów na stadionie śląskim w chorzowie. Zespół inkasuje kolejną nagrodę Grammy za utwór "St. Anger" w kategorii "best metal performance".  W połowie roku w kinach wyświetlany jest film dokumentalny "Some Kind of Monster" obrazujący proces tworzenia nowego albumu. Zespół na potrzeby produkcji angażuje psychologa, aby poprawić relację między członkami bandu. W sierpniu Metallica wydaję swoją pierwszą autoryzowaną biografię: So What: The Good, The Mad, and The Ugly. Rok 2005 to przede wszystkim odpoczynek po wyczerpującej 19 miesięczniej trasie koncertowej, jednak pod koniec roku zespół decyduje się wystąpić jako support legendarnej grupy The Rolling Stones w rodzinnym San Francisco. Zespół oficjalnie potwierdza rozpoczęcie się procesu nagrywania nowego albumu, w roli producenta nowego albumu zostaje obsadzony Rick Rubin. Początkiem 2006 roku zespół wydaje Fan Can 5 na którym znajdują się między innymi Gig z meczu LA Riders i koncerty z Filmore. W styczniu zespół daje koncert podczas rozdania nagród The Darwin Awards. W Nowym Jorku Metallica występuje jako zespół wprowadzający Black Sabbath do Hall of Fame. W marcu po raz pierwszy w swojej 25-letniej karierze Metallica występuje na żywo w RPA w ramach trasy Escape from the studio '06.

Podczas europejskiej trasy zespół szykuje nielada gratkę dla fanów - wykonuje on na wszystkich koncertach w Europie cały album Master of Puppets w ramach obchodów 20-lecia wydania tego legendarnego albumu. Zwieńczeniem mini trasy są sierpniowe koncerty w Korei i Japoni. Pod koniec roku Kirk zostaje po raz pierwszy ojcem, a w sklepach ukazuje się kolejne DVD bandu zatytułowane Metallica: The Videos 1989-2004, zawierające wszystkie teledyski oraz min. materiał z 2 of One.

Aktualnie zespół kontynuuje nagrywanie długo oczekiwanej nowej płyty studyjnej. Premiera planowana jest na połowę 2007 roku. Zwiastunem tego w jakiej formie twórczej jest obecnie zespół było odegranie 'the new song' oraz 'the other new song' podczas letnich koncertów w ramach trasy escape from the studio'06.